Üniversitede ekonomi politik okudu
Yuto Nagatomo üniversite mezunu olan ender futbolcular arasında yer alıyor. Tokyo'daki Meiji Üniversitesi'nde 'Ekonomi politik' okudu. FC Tokyo kulübünün formasını giydiği dönemde, aynı zamanda fakülteye gidiyor, derslere girip çıkıyordu. 2009'da okulundan mezun oldu. Kitap okumaya oldukça meraklı birisi olan Nagatomo, son dönemde felsefe ve psikolojiye merak sardığını, bu alanda kitaplar okuduğunu söylüyor.