- 27 Mayıs darbesi
27 Mayıs 1960'da, Milli Birlik Komitesi'nin ülke yönetimine el koyduğunu açıklayan bildiriyi radyodan okuyan Türkeş, ihtilal hükümetinde Başbakanlık Müsteşarlığı görevini üstlendi. Türkeş, bu vazifesi sırasında Devlet Planlama Teşkilatı, Devlet İstatistik Enstitüsü ve Türk Kültürünü Araştırma Enstitüsü gibi kurum ve kuruluşları kurdu.
Milli Birlik Komitesi'nde ortaya çıkan anlaşmazlıklar nedeniyle, 13 Kasım 1960'da, Türkeş ve "ondörtler" olarak bilinen arkadaşları, emekliye sevk edilerek tasfiye edildi ve zorla evlerinden alınıp yurt dışında görevlendirilmek suretiyle sürgüne gönderildi. Türkeş, Türkiye'nin Hindistan Büyükelçiliği müşaviri sıfatıyla sürgün edildi.
1963 yılında yurda dönen Türkeş, dava arkadaşlarıyla kadro oluşturup partileşmek amacıyla "Huzur ve Yükseliş Derneği"ni kurdu.
Kısa bir süre sonra Talat Aydemir'in giriştiği darbe teşebbüsüne karıştığı iddiasıyla tutuklanan ve Mamak Askeri Cezaevi'nde 4 ay hücre hapsinde yatan Türkeş, yargılandı ve beraat etti.
- CKMP Genel Başkanlığı'na seçildi
Alparslan Türkeş, 1965'de Cumhuriyetçi Köylü Millet Partisine (CKMP) katıldı. Partinin Büyük Kurultay'ında Genel Başkanlığa seçilen Türkeş, aynı yıl yapılan genel seçimlerde ise Ankara milletvekili oldu.
CKMP'nin adı 1969'da, Milliyetçi Hareket Partisi, amblemi de üç hilal olarak değiştirilirken, Türkeş o yıl yapılan genel seçimlerde Adana milletvekili seçildi.
Türkeş, ilki 31 Mart 1975 -13 Haziran 1977 yılları, ikincisi de 1 Ağustos - 31 Aralık 1977 tarihlerinde, Süleyman Demirel başkanlığında kurulan koalisyon hükümetlerinde MHP Genel Başkanı olarak, başbakan yardımcılığı ve devlet bakanlığı yaptı.
Türkiye'de 1968 yılından itibaren Marksist ve komünist gençlik hareketlerinin üniversitelerde yer almaya başlaması ile Türkeş, toplanan çok az sayıdaki gence verdiği seminerlerde "Millet ve ülkemizi bölüp yıkmak isteyen her türlü yabancı ideoloji zehirlerinin panzehiri Türk milliyetçiliği ideolojisidir." vurgusu yaparak Türk toplumculuğu ve milliyetçiliğini anlattı. Kısa zamanda çoğalan ve örgütlenen gençler, "Dokuz Işık" etrafında toplandı.
- 12 Eylül askeri darbesi
12 Eylül 1980'de gerçekleşen askeri darbeden 3 gün sonra teslim olan Türkeş, önce Uzunada'da daha sonra da Ankara Askeri Dil Okulu'nda ve hastalandığı dönemde de Mevki Hastanesi'nde 4,5 yıl hapis yattı. Bu süreçte Türkeş ve 218 ülkücünün idamı istendi. Türkeş, 9 Nisan 1985'de tahliye oldu ve beraat etti.
Türkeş, 1987'de siyaset yapma yasağının kalkmasının ardından Milliyetçi Çalışma Partisi (MÇP) olağanüstü kongresinde partinin Genel Başkanı oldu. Türkeş, 1991 yılındaki genel seçimlerde MÇP'nin, Refah Partisi ve Islahatçı Demokrasi Partisi ile yaptığı seçim ittifakı neticesinde Yozgat milletvekili seçildi.
1992'de 12 Eylül'ün kapattığı partilerin tekrar açılabilmesine ilişkin değişikliğin ardından MHP'nin son kurultay delegeleri, MHP'nin isim ve amblemini MÇP'nin kullanabilmesine karar verdi.
Bu çerçevede, 1992'de yapılan MÇP'nin 4. Olağanüstü Kurultayı'nda partinin adı MHP, amblemi üç hilal olarak değiştirildi, genel başkanlığa tekrar Alparslan Türkeş seçildi.
Türkeş, 4 Nisan 1997'de geçirdiği kalp krizi sonucu 80 yaşında hayatını kaybetti. Türkeş için 8 Nisan 1997'de düzenlenen cenaze törenine yoğun katılım oldu. Türkeş'in naaşı, Beşevler'deki anıt mezara defnedildi. Türkiye'nin tüm illeri ile Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti, Kırım, Balkanlar ve Türkistan'daki Hoca Ahmet Yesevi'nin türbesinden getirilen topraklar, Türkeş'in mezarına konuldu.
