1992'de Zuhal Olcay ile evlendi. Çift, birlikte Hollywood'da "Indiana Jones" dizisinde, Türkiye'de de Yavuz Özkan'ın "İki Kadın" filminde rol aldı. Bilginer, 1996'da Tomris Giritlioğlu'nun 80. Adım filminde, ardından "İstanbul Kanatlarımın Altında", "Usta Beni Öldürsene" ve "Masumiyet" gibi ödüllü filmlerde rol aldı. 1993'te Türkiye'nin ilk reality showu olan Sıcağı Sıcağına'yı sundu. Haluk Bilginer ve Zuhal Olcay, 1999'da Moda'da bir salonda Oyun Atölyesi'ni kurdular. Çift, 2004 yılında boşandı.
2006 yılında müzik sanatçısı Aşkın Nur Yengi ile evlenen Bilginer'in bu evlilikten Nazlı adında bir kızı oldu. Çift, 2012 yılında ayrıldı.
Bilginer, 1997, 2005 ve 2006 Afife Tiyatro Ödülleri'nde sırasıyla Yılın En Başarılı Erkek Oyuncusu (Histeri), Yılın En Başarılı Müzikal ya da Komedi Erkek Oyuncusu (Cimri), Yardımcı Rolde Yılın En Başarılı Müzikal ya da Komedi Erkek Oyuncusu (Jeanne d’Arc’ın Öteki Ölümü) Ödüllerine değer görüldü. Neredesin Firuze filmindeki rolü ile 9. Sadri Alışık Ödülleri En İyi Oyuncu Ödülü, 2014 yılında Kış Uykusu filminde canlandırdığı "Aydın" karakteri ile 10. Ankara Uluslararası Film Festivali En İyi Erkek Oyuncu Ödülü, 2018'de yayımlanan Şahsiyet dizisindeki "Agâh Beyoğlu" rolü ile Uluslararası Emmy Ödülleri'nde En İyi Erkek Oyuncu ödülü dahil birçok ödül kazandı. Şahsiyet'in yanı sıra birçok Türk dizisinde başrol oynadı.
