Ismaël, 2005-06 sezonu başında 8,5 milyon £ karşılığında Bayern München'e transfer oldu. Ismaël, sezon sonunda daha önce Bremen'deki gibi bir kez daha çifte kupa sevinci yaşadı. 2006-07 sezonunun başında geçirdiği sakatlık sonucunda ayağı kırıldı ve sezonu sadece bir maça çıkarak tamamlayabildi. 2007-08 sezonunun ilk döneminde hiç forma şansı bulamadı ve 5 Aralık 2007 tarihinde Hannover 96'ya transfer oldu. Hannover'da ilk lig maçına eski kulübü Bayern Münih karşısında çıktı ve sakatlanarak oyunu terk etmek zorunda kaldı. Ismaël, üst üste yaşadığı sakatlıklar nedeniyle 5 Ekim 2009 tarihinde futbol kariyerini noktaladığını açıkladı.
2022 yılında ise Süper Lig ekiplerinden Beşiktaş takımına teknik direktör olarak geldi.