Bu sezon 28 kişilik kadroya alınmayarak şok bir kararla dışarıda kalan Ekici, çok büyük bir üzüntü yaşadı.2016-17 sezonunun devre arasında Fenerbahçe tarafından istenen ve gitmek isteyen tecrübeli orta saha, Trabzonspor'la sözleşmesini yenilemeyerek 6 ay kadro dışı kalmayı kabul etmişti.