Gazeteci - Yazar Tuncay Özkan, 23 Eylül 2008'de Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklandı. Özkan 5 Ağustos 2013 tarihinde darbeye teşebbüs suçlamasıyla ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırıldı. Emekli Albay Levent Göktaş, 7 Ocak 2009 tarihinde Ergenekon soruşturması kapsamında silahlı terör örgütü üyesi olmak suçlamasıyla tutuklandı. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında 20 yıl 9 ay hapis cezasına çarptırıldı. Dava sürecinde gizli tanık ifadelerinin ardından 27 Ocak 2012'de tutuklanan Sedat Peker, dava sonunda "Örgüt üyesi olmak" suçundan 10 yıl hapis cezasına çarptırılmıştı.