1994-2002 yılları arasında Gazi Osmanpaşa Üniversitesinde Öğretim Görevlisi, 2002-2010 yıları arasında Zonguldak Karaelmas Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Elektrik-Elektronik Mühendisliğinde öğretim üyesi olarak görev yapmıştır.
28 Kasım 2010-4 Ekim 2017 tarihleri arasında Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi Rektörü olan Özer, 1 Ağustos 2015-1 Ağustos 2016 tarihleri arasında Üniversitelerarası Kurul (ÜAK) Başkanlığı yapmıştır. Mesleki Yeterlilik Kurumu (MYK) Yönetim Kurulu Üyeliği ve Başkan vekilliği ve Türk Standartları Enstitüsü (TSE) Genel Kurul Üyeliği görevlerini de yürüten Özer, 4 Ekim 2017 tarihinde Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) Başkanlığı görevine atanmıştır. Halen İslam Dünyası Yükseköğretim Kalite Güvence Ajansları Birliği (AQAAIW) Başkanı olan Özer, 8 Ağustos 2018 tarihinde Milli Eğitim Bakanlığı Bakan Yardımcılığına atanmıştır. Özer, Milli Eğitim Bakanlığına atandı.
