TÜRK Silahlı Kuvvetleri'nin Güneydoğu ve Kuzey Irak'ta etkili operasyonları ve Suriye'ye yönelik kararlı tutum nedeniyle dağılma sürecine giren örgütte, Abdullah Öcalan'ın İtalya'nın başkenti Roma'da tutuklanması, iki grubu karşı karşıya getirdi. Öcalan'a bağlılık yemini eden kadrolarla darbeci kadro arasında güç mücadelesi gündeme geldi. Öcalan'ın yerine "Abbas" kod adlı Duran Kalkan ve Rıza Altun'un getirilmesi bekleniyor.
Suriye'den ayrılması nedeniyle örgüt üzerinde otoritesini kaybeden Öcalan, 6. kongre öncesi yaptığı plan ve programları hayata geçiremedi. Örgüt kadrosunda büyük bir tasfiye hareketi başlatma aşamasındayken Rusya'ya sığınmak zorunda kalan Öcalan'ın Roma'da yakalanması ile örgütün özellikle askeri kanadı ARGK içinde, derin görüş ayrılıkları su yüzüne çıktı. Kuzey Irak'ta örgütün üst kadroları moral çöküntüye uğradı. Kamplarda barınan PKK'lılar ne yapacaklarının şaşkınlığını yaşıyor. Öcalan'a muhalefet eden ancak etkisizleştirilen komutanlar, Öcalan'ın Roma'da tutuklanmasıyla yeniden mücadele bayrağını yükseltmeye hazırlandığı gelen
haberler arasında. Büyük bölümü Talabani'nin kontrolünde bulunan Kuzey Irak'ın Soran bölgesindeki örgütü yöneten kadroların, durum değerlendirmesi yapmak için toplandığı bildiriliyor. Öcalan'ın Roma'da yakalanması haberinin duyulması örgütün özellikle Kuzey Irak'taki kamplarında paniğe neden oldu. PKK'lı grupların huzursuzluğunu gidermek için örgüt yöneticilerinin telsizle birimlere talimatlar gönderdiği gelen haberler arasında.
Aralarında örgütün sözde Genelkurmay eski Başkanı Cemil Bayık'ın başını çektiği grup, Öcalan'ın yanlış tutumu yüzünden kan kaybettiğini ve birçok bölgede eylem yapılamaz duruma gelindiğini belirterek, yeni bir yapılanmaya gidilmesini istedi. Başını Mustafa Karasu'nun çektiği grup ise Öcalan'ın ateşkes taktiğiyle örgütü pasif duruma düşürdüğünü, etkili silahlı eylemler yapılmasını savunuyor. Daha önce, benzer sorunları ileri sürerek, yeni bir politika izlenmesi konusunda görüş belirten bazı üst düzey örgüt üyeleri ise Apo'ya bağlı kadrolar tarafından darbeci oldukları gerekçesiyle susturulmuşlardı. Muhalefet sözcülerinden Osman Öcalan ve Cemil Bayık gibi isimler, Öcalan'ın Roma'da yakalanması üzerine tekrar seslerini yükselterek, örgütün içinde bulunduğu durumu tartışmaya açtı.
Doğu ve Güneydoğu'da 9 ana bölgede faaliyet gösteren PKK, Türkiye'nin batısında metropol eyaletler düzeyinde örgütlenmeye ağırlık verdi. Örgütün silahlı faaliyet alanı olarak açıkladığı Botan, Serhat, Mardin, Dersim, Amed, Garzan, GAP, Erzurum, Akdeniz, Karadeniz, İç Anadolu ve Kuzey Irak'taki Bahdinan ve Güneybatı Zagros bölgelerinde
son bir yıl içinde etkili operasyonlar gerçekleştirildi. Halen değişik noktalarda süren harekatlar nedeniyle büyük darbe yiyen örgüt, ateşkesle nefes almaya çalıştı, ancak bu taktiğinde de başarılı olamadı. Son bir ay içinde sürdürülen etkili operasyonlarda 300'ü aşkın PKK'lı öldürüldü ve örgüt eylem yapamaz duruma getirildi.
Öcalan'ın Suriye'den çıkarılmasıyla örgütün dağılma sürecine girdiğini belirten istihbarat kaynakları, coğrafi koşullar nedeniyle Kuzey Irak dağlarına çekilen örgütün yakın zamanda buradan da sökülüp atılacağını belirtiyorlar. Yetkililer, Öcalan'ın yakalanması ile örgütün toparlanmasının artık mümkün olmayacağını açıklıkla ifade ediyor.
PKK'nın kuruluşunda Öcalan'ın yanında bulunan lider kadronun büyük bölümü "ajan", "darbeci", "sağ sapma" ve "oportünist" olduğu gerekçesiyle tasfiye edildi. Merkez komite üyelerinden Mehmet Hayri Durmuş, Kemal Pir, Mazlum Doğan ve Akif Yılmaz cezaevinde açlık grevlerinde ölürken Şahin Dönmez ve Yıldırım Merkit itirafçılık yasasından yararlanarak örgüt hakkında kapsamlı açıklamalarda bulundu. Aralarında Şahin Dönmez'in de bulunduğu bir kısım örgüt mensubu Öcalan'ın talimatı ile öldürülürken, bazıları ise Avrupa'ya kaçtı.
Avrupa'ya kaçanlar arasında yer alan Çetin Güngör, Baki Karer öldürülürken Avukat Hüseyin Yıldırım yaralı kurtuldu. Örgütten ayrıldıktan sonra PKK Vejin (PKK Diriliş) örgütünü kuran Mehmet Şener, Suriye'de bir evde beraber bulunduğu bir grup arkadaşıyla öldürüldü. Öcalan'la birlikte hareket eden 30 kişilik kadrodan geriye sadece Cemil Bayık, Duran Kalkan, Rıza Altun, Ali Haydar Kaytan, Halil Ataç, Nizamettin Taş, Mustafa Karasu ve Numan Uçar kaldı. Örgütün Genelkurmay Başkanı Cemil Bayık'ın ise kontrolü altındaki Şemdin Sakık'ın kaçmasına göz yumması nedeniyle Öcalan tarafından elindeki yetkiler alınıp bir süre göz hapsinde tutulmuştu. Bu kadroda yer alanlardan bazıları ise Öcalan'la girdiği görüş ayrılığı nedeniyle tasfiye aşamasındaydı.