Müze-i Hümayun Müdürü Osman Hamdi Bey, 1887-1888 yılları arasında bugünkü Lübnan sınırları içerisinde yer alan Sayda'da (Sidon) yaptığı kazılar sonucunda Sidon Kral Nekropolü'ne ulaşmış ve başta dünyaca ünlü İskender Lahdi olmak üzere pek çok lahit ile imparatorluk başkenti İstanbul'a dönmüştür.
İstanbul Arkeoloji Müzeleri bünyesinde bulunan ve Eski Şark Eserleri Müzesi olarak kullanılan bina, Osman Hamdi Bey tarafından 1883 yılında Sanayi-i Nefise Mektebi yani Güzel Sanatlar Akademisi olarak inşa ettirilmiştir. Bu okul günümüzdeki Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi'nin de öncüsü olarak kabul edilmektedir.
Bu bina da tıpkı birkaç yıl sonra Arkeoloji Müzesi'nin ana yapısını da inşa edecek olan mimar Alexander Vallaury'nin imzası bulunmaktadır. 1917 yılında akademinin Cağaloğlu'na taşınmasının ardından bu tarihi yapı da müzeler müdürlüğüne tahsis edilmiş ve Arkeoloji Müzesi'nin bir parçası haline gelmiştir.
1887 ve 1888 yılları arasında Osman Hamdi Bey tarafından yapılan Sidon Kral Nekropolü Kazısı'ndan İstanbul'a getirilen, aralarında İskender Lahdı, Ağlayan Kadınlar Lahdi, Likya Lahdi, Tabnit Lahdi gibi ihtişamlı eserlerin sergilenebilmesi için yeni bir müze binasına ihtiyaç duyulmuş, Çinili Köşk'ün karşısına dönemin ünlü mimarı Alexander Vallaury tarafından inşa edilen İstanbul Arkeoloji Müzeleri klasik bina 13 Haziran 1891'de ziyarete açılmıştır.
1903 yılında kuzey ve 1907 yılında güney kanadın eklenmesi ile bugünkü Arkeoloji Müzesi binası oluşturulmuştur. Ana Müze binasının güney doğu bitişiğine, yeni sergi salonlarına duyulan ihtiyaç nedeni ile 1969 -1983 yılları arasında bir ilave yapılmış ve bu bölüm Ek Bina (yeni bina) olarak adlandırılmıştır.
Başta Büyük İskender Lahdi olmak üzere İştar Kapısı, Kadeş Anlaşması ve dünyanın ilk aşk şiiri olmak üzere pek çok önemli ve tarihi eseri barındıran İstanbul Arkeoloji Müzeleri, hem şehrin hem de aslından dünyanın en önemli arkeoloji yapılarından biri olarak kabul edilmektedir. Bu yönüyle de her zaman dünya kamuoyunda yer bulmaktadır.
Afganistan'dan Balkanlara binlerce kilometrekarelik bir alanı kapsayan coğrafyadan eserlerin yer aldığı İstanbul Arkeoloji Müzeleri'nde Anadolu'daki antik dönem medeniyetleri, Mezopotamya, Mısır ve Yunan uygarlıklarına ait ait binlerce tarihi eser sergilenmekte. Bu eserlerin her biri arkeoloji dünyası için de simge olma özelliği taşımaktadır.
İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü binalarında yer alan, 1, 16, 17, 18, 19, 20 numaralı salonlar ve üst kattaki salonların tamamının; Ek Bina zemin katta ''Assos Sergi Salonu'' ve ''İstanbul'un Çevre Kültürleri: Trakya, Bithynia - Bizans'' sergi salonları yenileme çalışmaları nedeniyle bir süredir ziyarete kapalı durumda.
Pandemi sürecinde 10.00 - 17.00 saatleri arasında ziyaretçi ağırlayan İstanbul Arkeoloji Müzeleri, Topkapı Sarayı'ndan sonra İstanbul'un en çok ziyaret edilen turistik yapılarından biri olma özelliği taşımaktadır. Topkapı Sarayı'nın yanı başında olması müzeyi daha da cazip bir turistik rota haline getirmekte. Pek çok turist sarayın dış bahçesinden İstanbul Arkeoloji Müzelerine kolayca ulaşmakta.
Farklı dillerde "audio guide" hizmetinin de sunulduğu müzede yer alan bazı belli başlı eserlere baktığımızda akla gelen ilk eserlerden biri elbette Büyük İskender Lahdidir. Müzenin tanıtımlarında da mutlaka yer allan bu tarihi lahdin yanı sıra Ağlayan Kadınlar lahdi de bu konuda önemli eserlerden bir diğeridir.
Bununla birlikte Babil'den getirilen İştar Kapısı ve Babil Kabartmalarının yanı sıra, Antik Yunan heykelleri, binlerce kil tablet, İslam coğrafyasından seramikler, büstler ve daha fazlası İstanbul Arkeoloji Müzeleri'nin koleksiyonunda yer alan ve mutlaka görülmesi gereken tarihi eserlerdir.
İstanbul Arkeoloji Müzeleri'nin bugünkü ana binasında ziyarete açıldığı tarih olan 13 Haziran 1891 tarihine istinaden bu tarih günümüzde de Türkiye Müzeciler Günü olarak kutlanmaktadır. Bunun dışında 18 Mayıs tarihi de Dünya Müzeciler Günü olarak kutlanmakta.