19. yüzyıla ait arşiv belgelerinde "İshak Paşa Sarayı namıyla maruf Bayezid Sancağı Hükümet Konağı" ifadesinin yer aldığını aktaran Karataş, şöyle devam etti:
"Uzun yıllar süren işgal ve istila dönemlerinde hem Bayezid Sancağı hem de İshak Paşa Sarayı bu işgal ve istilalarda birçok kez tahrip edilmiştir.
Bir dönem askeri kışla, bir dönemde hükümet konağı olarak kullanılmıştır. Topkapı Sarayı'nın müştemilatı düşünüldüğünde İshak Paşa Sarayı'nda aslında Topkapı Sarayı'nın küçük bir kopyası olarak oluşturulduğunu görüyoruz."
Kırım Savaşı sırasında Rus istilasına uğrayan Bayezid bölgesi ile İshak Paşa Sarayı'nın çok ciddi tahribat geçirdiğine işaret eden Karataş, sözlerini şöyle tamamladı:
"Sarayın harem giriş kapılarının altın yapraklı kanatları var ve bunlar Rus istilası sırasında Rusya'ya götürülmüştür.
Bizim akademik camia açısından altın kapılardan daha önemli olan şey saray kütüphanesinin yağmalanmasıdır. Kütüphanede bulunan yüzlerce cilt yazma eserinde 1828-29 Osmanlı-Rus savaşı ve sonrasındaki Kırım Savaşı sırasındaki Rus istilalarında o kütüphanedeki yüzlerce cilt yazmanın Ruslar tarafından Moskova ile Petersburg'daki kütüphane ve müzelere götürüldüğünü biliyoruz.
Rus kütüphanelerinde bulunan ve İshak Paşa Sarayı'ndan götürülen eserler bizim için önemlidir. Biz Rusya'daki o eserlere ulaşabilmek adına üniversite olarak bununla ilgili bir çalışma başlatacağız."