Çikolata kistini tamamen ortadan kaldıracak bir tedavi yöntemi yoktur. Yapılan tedavi daha çok kiste bağlı oluşan ağrıları gidermek ve kısırlığı önlemek üzerinedir. Bunun için ilaç tedavisi veya cerrahi yöntemler tercih edilir.
Adet döneminde meydana gelen ağrı ve kramplar için nonsteroidalantiinflamatuar ilaçlar verilir. Eğer kişinin hamilelik planı yoksa hormon tedavisine başlanır. Çünkü hormon tedavisi endometrial dokunun kalınlaşmasını ve yeni bir dokunun oluşmasını engelleyebilir. Çocuk isteyen kadınlara ise hormon tedavisi uygulanmaz. Bu noktada cerrahi tedavi tercih edilir. Bunun için laparoskopik yöntem ile göbek deliğinin yanında açılan küçük bir kesi ile kiste ulaşılır ve çıkarılır.