Akvaryum temizleme’nin püf noktalardan birisi de emici bir sünger ile suyu boşaltılan akvaryumun camlarını ve zeminini temizlemektir. Bu aşamada özellikle kenar ve diplere ağırlık vererek akvaryum temizleme işlemlerini sürdürmek akvaryumun tam anlamıyla zararlı bakterilerden arındırılabilmesi için gereklidir.
Akvaryum temizliği yaparken kimyasal ürünler akvaryumun yapısına zarar verebilmekte ve akvaryumda kalıntı bırakarak temizlik sonrasında balıkların su içerisinde zehirlenmesine neden olabilmektedir. Bu nedenle kimyasal içeren bu tarz ürünler yerine akvaryumculardan satın alınabilecek akvaryum temizleme ürünlerinin tercih edilmesi tavsiye edilir.
Akvaryumda yer alan aparatlar zamanla kirlenebildikleri ve bakteri yuvası haline gelebildikleri için bu aksesuarların temizliğine de dikkat edilmeli ve özellikle filtrenin hem içini hem de dışını ılık su ve sünger ile yıkamaya özen gösterilmelidir.
Aynı akvaryumda yer alan aparatların temizliği kadar önemli bir konu olan akvaryum süslerini temizleme de balıkların sağlıklı bir şekilde yaşamlarını sürdürebilmeleri adına önemlidir. Bu nedenle akvaryum süslerini temizleme konusunda da titiz davranılması gereklidir.
Akvaryum temizliğinin püf noktalarından başka birisi de yıkamadan sonra akvaryumu temiz bir bez eşliğinde durulamaktır. Durulama yöntemi olarak kağıt ya da gazete ile durulama tekniği ise sağlıksız olduğu içim tavsiye edilmemektedir.
Temizleme işleminden sonra sudaki kloru yok etmek ve suyu tam anlamıyla düzenleyebilmek için su düzenleyicilerinden yararlanılabilir.Su düzenleyicilerinin kullanım oranları akvaryum boyutlarına göre seçilebilir. Akvaryum temizliğinde dikkat edileceklerden başka bir tanesi de temizlik sonrası akvaryuma koyulan suyun sıcaklığıdır. Bu nedenle temizlikten sonra ısıtıcıyı fişe takmak ve suyun derecesini akvaryumdaki canlılar için ideal dereceye çekmek oldukça önemlidir.