Sağlığınızı geliştirme inancıyla uyguladığınız bu diyet aksine sağlığınıza olumsuz etki gösterebilir çünkü araştırmalar glutensiz diyetin karbonhidrat, posa, demir, çinko, folat ve niasin açısından yetersiz beslenme ile sonuçlanabileceğini göstermektedir.
Glutensiz diyette gluten içermeyen süt, et, sebze ve meyve gibi besinlerin yanında genellikle diyetin daha sürdürülebilir olması için endüstri tarafından üretilen glutensiz ekmek, makarna gibi yiyecekler de tüketilir.
Bu ürünler gluten içeren eşdeğerlerine göre demir, folat, B vitaminleri ve posa bakımından daha fakirdir; glisemik indeksleri daha yüksektir ve daha fazla karbonhidrat ve yağ içerirler. Bu nedenle glutensiz diyetler çoğu zaman ağırlık kaybı sağlamanın aksine ağırlık artışına sebep olabilir.
Glutensiz ürünlere olan talebin artmasıyla glutensiz ürün pazarı hızla büyümektedir. Bu besinleri tüketme çabası, glutensiz ürünlerin standart ürünlere göre oldukça pahalı olması nedeniyle maddi ve ulaşılabilirliklerinin az olması nedeniyle manevi anlamda bir yük oluşturmaktadır.