D ve B12 vitaminleri, folik asit, demir, çinko, magnezyum ve kalsiyum eksiklikleri görülür. Glütensiz beslenme nedeniyle tercih edilen gıdalar genellikle şeker ve doymuş yağ içeriği yüksek gıdalardır.
Metabolik değerlerdeki bozulmalar obezite riskini arttırır. 2017 ve 2018 yıllarında yayınlanan 2 geniş katılımlı çalışmada glütensiz beslenen kişilerde koroner arter hastalığı ve tip 2 şeker hastalığı görülme sıklığında artış saptandı. Glüten bir prebiyotik olduğundan eksikliği bağırsak florasında değişikliklere yol açar.
Ayrıca glütensiz ürünler oldukça maliyetlidir. Unutmamak gerekir ki glütensiz beslenme bir zayıflama diyeti değildir, tedavi amaçlı kullanılmalıdır. Sağlıklı bireylerin hayatlarından glüteni çıkarmalarının kanıtlanmış bir faydası yoktur.