Bunun için öncelikle pelvik muayene yapılır. Jinekolojik muayene ile üreme organlarında bulunan anomalilikler tespit edilir. Pelvik muayenenin yanı sıra ultrason ile vajinaya bakılması gerekir. Standart bir ultrason incelemesi yeterli gelmeyebilir ve tam teşhis için USG gerekebilir.
Organ ve dokulardaki oluşumları detaylı görüntülemek içinse MR gerekebilir. MR hem tanı koymak hem de cerrahi planlama için çok önemlidir aynı zamanda rahim dışına yerleşmiş endometrial dokuların yerleri ve büyüklükleri tespit edilebilir. Ayrıca rahim dışına yerleşmiş kistleri belirlemek için de göbek deliği yanından küçük bir kesik atılarak bakılan laparoskopi yapılabilir.
Çikolata kistini tamamen ortadan kaldıracak bir tedavi yöntemi yoktur. Yapılan tedavi daha çok kiste bağlı oluşan ağrıları gidermek ve kısırlığı önlemek üzerinedir. Bunun için ilaç tedavisi veya cerrahi yöntemler tercih edilir.
Adet döneminde meydana gelen ağrı ve kramplar için nonsteroidalantiinflamatuar ilaçlar verilir. Eğer kişinin hamilelik planı yoksa hormon tedavisine başlanır. Çünkü hormon tedavisi endometrial dokunun kalınlaşmasını ve yeni bir dokunun oluşmasını engelleyebilir. Çocuk isteyen kadınlara ise hormon tedavisi uygulanmaz. Bu noktada cerrahi tedavi tercih edilir. Bunun için laparoskopik yöntem ile göbek deliğinin yanında açılan küçük bir kesi ile kiste ulaşılır ve çıkarılır.