İlaç tedavisinden ziyade doğal beslenme, geçirgen bağırsak sendromu tedavisinde oldukça önemlidir. Doğal olmayan besinler çok fazla tarım ilacı, ağır metal ve benzeri zararlı bileşene maruz kalırlar. Dolayısıyla doğal olmayan besinler bağırsak duvarına daha fazla zarar verme potansiyeline sahiplerdir.
Bağırsak onarılana kadar 3-6 hafta bir fonksiyonel tıp diyetisyeni ya da hekimi gözetiminde eliminasyon diyeti yapmak geçirgen bağırsak sendromu tedavisinde çok etkilidir.
Yaklaşık 8-10 saat kaynamış kemik ve et suyu glutamin, lizin, glisin içereceğinden dolayı bağları onaracaktır.
Fermente sebzeler yani ev turşuları bağırsak mikrobiyotasının zenginliğini artırıp koruyucu duvar oluşturması açısından önemlidir.
Laktoz intolaransı olmadığı takdirde fermente süt ürünleri de bağırsak mukozasını ve geçirgen bağırsağı onarır.
Omega 3 yağ asitleri de bağırsak tamiratında önemli rol oynamaktadır. Glutamin, Glisin, Lizin, Prolin bağırsak bariyerinin onarımını gerçekleştiren proteinlerdir.