Dizanterinin tedavisi türüne göre farklılık gösterir. Hastalığı tedavisindeki temel prensip ishal ile kaybedilen sıvının yerine konmasıdır. Hastalığın ağırlığına göre hekimin uygun gördüğü antibiyotik kullanımı ile iyileştirilir.
Amipli dizanteri hastalığına neden olan paraziti yok etmeye yönelik uygun türde antibiyotik uygulanır. Yine aynı prensiple basilli dizanteri için de etken olan bakteriye yönelik antibiyotik hekim tarafınca seçilir ve uygulanır.