Derin yerleşimli endometriozis rahim dışında da görüldüğünde idrar yollarında, bağırsaklarda ve karın zarında bile görülebilmektedir. Mesaneye yerleşmesiyle birlikte kanlı idrar ve idrar yaparken yanma görüleceği gibi üreterlerinde tıkanmasına neden olursa hastada böbrek yetmezliğine kadar varan sonuçları olabilir.
Bağırsaklarda görülen endometriozis lezyonları Büyük abdest yaparken ciddi ağrı, gaz, karın şişliğine neden olmaktadır.Karın zarından bağırsaklara ve mesane duvarına kadar girmiş olan sinirlere kadar ilerleyip anatomiyi bozulmasına neden anal endometriozis lezyonlarına "derin yerleşimli endometriozis" denmektedir.
En önemli belirtisi olarak adet dönemlerindeki sancı ve cinsel ilişki sırasındaki ağrı yaşam kalitesini bozacak kadar büyük boyutlara ulaşabilir. Bulunduğu organlara çok ciddi zarar vermesi sebebiyle bunların tek tedavisi cerrahi operasyondur.
Laparoskopik cerrahi ya da robotik cerrahi ameliyatların başarısını arttırmaktadır. Cerrahın deneyimi, tecrübesi, yapılan teknik sayesindeyse tekrarlama minimum seviyeye inmektedir.