Pıhtı atmasının tedavisi, bu durumun ortaya çıkmasını engellemek üzeredir. Şöyle ki, risk faktöründe yer alan kişilerin düzenli kontrollerinin yapılması gerekir. Birincil hastalığın tanınarak koruyucu tedaviler ile damarların tıkayıcı hastalığı büyük ölçüde engellenir.
Eğer hastada pıhtı atması meydana gelirse daha ilk saatlerde müdahale çok önemlidir. Girişimsel müdahaleler yapılarak beyin dokusuna zarar vermeden hastalık durdurulabilir.