Keçi peyniri, B2 vitamini (riboflavin), A vitamini ve potasyum ve magnezyum gibi önemli mineraller de dahil olmak üzere çeşitli vitamin ve mineraller içerir.
Keçi peyniri yağ içermekle birlikte, yağın önemli bir kısmı kalp için sağlıklı doymamış yağlardan, özellikle de tekli doymamış yağlardan oluşur. Bu yağlar ölçülü tüketildiğinde kalp sağlığı üzerinde olumlu etkilere sahip olabilir.
Keçi peyniri, kas bakımı, onarımı ve genel vücut fonksiyonu için gerekli olan yüksek kaliteli proteinin iyi bir kaynağıdır.
Bazı keçi peyniri çeşitleri, özellikle de geleneksel fermantasyon yöntemleri kullanılarak yapılanlar, bağırsak sağlığını destekleyebilecek faydalı probiyotik bakteriler içerebilir.